En Croatie, la loi de 2002 sur la situation légale des communautés religieuses définit dans les grandes lignes la position juridique des communautés religieuses et traite de sujets tels que le financement gouvernemental, les avantages fiscaux et l’éducation religieuse dans les écoles. L’inscription des groupes religieux n’est pas obligatoire. Cependant, les groupes enregistrés bénéficient du statut de « personne morale » et d’avantages fiscaux et autres.
L’église de Scientology de Croatie a été officiellement enregistrée en tant qu’organisation religieuse au registre des communautés religieuses de la République de Croatie le 22 décembre 2003. Le ministère de la Justice reconnaissait non seulement l’église de Scientology de Croatie, mais la religion de Scientology pour que d’autres organisations religieuses de Scientology puissent aussi être enregistrées à l’avenir.
« [...] A approuvé d’inscrire l’ÉGLISE DE SCIENTOLOGY EN CROATIE […] au registre des communautés religieuses de la République de Croatie. »